Церковь была сооружена в 1858 году помещиком Константином Егоровичем Бенардаки — сыном капитана русского фрегата «Феникс», участника Русско-турецкой войны в 1768-1774 годов — Георгия Бенардаки. Храм был приходским для сельца Марьевка Таганрогского округа. Церковь была освящена в честь Святой Марии Магдалины, особо почитаемой в сельце Марьевка. В церкви имеются две плиты с надписью о том, что под ними покоятся — храмоиздатель Константин Бенардаки, его мать Мария Дмитриевна Бенардаки и сын Сергей.

После 1874 года Марьевка перешла в собственность Якова Соломоновича Полякова и была переименована в Поляковку. В 1899 году при храме была открыта Ново-Марьевская церковно-приходская, бесплатная народная библиотека-читальня.

После Гражданской войны, с 1924 года, сельцо стало хутором и названо Красный Десант. Церковь была закрыта и разграблена, превращена в склад. В послевоенный период здание было приспособлено под бильярдную Дома отдыха, разместившегося в бывшей даче Якова Полякова. В в 1960-е годы местным властям пришла идея перестроить здание храма под плавательный бассейн. Но это не было реализовано и в полуразрушенном виде храм просуществовал до конца 1980-х годов.

В 1989 году жители Красного Десанта решили возродить церковь. Работы велись без архивных документов и помощи искусствоведов — жители спешили воспользоваться разрешением властей на восстановительные работы. По состоянию на 1 января 1993 года стены храма были полностью восстановлены, крыша покрыта и окрашена в голубой цвет, все сводчатые потолки оштукатурены и выбелены известью, пол устроен из коричневой метлахской плитки, установлен каркас деревянного иконостаса. Был расчищен огромный подпол, восстановлена часть уникальной кирпичной ограды и надвратная часть из дерева в виде древнерусского терема. К храму проведена дорога с асфальтовым покрытием, на его подворье построены приходской дом с церковно-приходской школой и здание мастерских.
В настоящее время храм действующий, его настоятелем является иерей Даниил Давиденко. Адрес: Ростовская область, Неклиновский район, хутор Красный Десант, ул. Октябрьская, 1А.